Nel periodo delle lotte tra Ghibellini e Guelfi, il governo comunale andava disgregandosi e Pinamonte Bonacolsi nel 1273 ne approffittò per portare il suo casato al potere.
Vi riuscì anche grazie alle sue doti intellettive e alla cospicua fortuna di famiglia.
Durante la breve signoria bonacolsiana che durò all'incirca mezzo secolo, Mantova si arricchì di imponenti palazzi merlati. Sui due lati lunghi di Piazza Sordello sorse Palazzo Bonacolsi alla sinistra del Duomo e alla destra la Magna Domus ed il Palazzo del Capitano che più avanti diventò il Palazzo Ducale dove per quattro secoli circa, vissero i Gonzaga.
In questo breve periodo di tempo si insediarono a Mantova i primi ordini mendicanti, sorsero chiese e conventi di stile gotico tra cui la chiesa di San Francesco costruita tra il 1303 e il 1304.
Nel 1328 Rinaldo detto il Passerino, l'ultimo dei Bonacolsi, fu ucciso durante una rivolta popolare fomentata dai Gonzaga.
La cacciata dei Bonacolsi è ritratta in un noto quadro di Domenico Morone.