Nicolò Sebregondi (o Sebregundio o Subregundi) nacque in Valtellina (Sondrio; allora annessa alla Svizzera) nel decennio 1580-90. Emigrato dalla propria valle (allora come detto, in mano svizzera) e pagato il tributo (come era peraltro d'uso, allora), da giovane si recò in Fiandra per formarsi quale pittore; nel 1612 era a Roma, presso l'Accademia fondata dal pittore-architetto Giovan Battista Crescenzi.
A Roma svolse la sua prima attività d'architetto:
Chiesa di Santa Maria del pianto (attorno alla quale s'estendeva un tempo il ghetto, secc. XVI-XIX, così che il largo di fronte alla chiesa venne dal popolo chiamato Giudìa; circostanza alla quale sembra legato il nome « del pianto »). La chiesa è ubicata, nelle vicinanze del Tempietto del Carmelo ed ha la cupola realizzata in legno, caratteristica questa unica in tutta Roma. L'utilizzo di un materiale "povero", si può spiegare con la necessità di fare economia. All'interno di un quartiere ebraico, infatti, i fondi donati per la costruzione di una chiesa cattolica non dovevano essere sostanziosi. Un'altra caratteristica della chiesa di Santa Maria del Pianto è quella di non avere una facciata, bensì un'entrata laterale attraverso un piccolo portone posto in un edificio di abitazioni. La chiesa, al suo interno, presenta tre altari realizzati secondo uno schema berniniano. Sull'altare maggiore si trova un'icona della Madonna, che secondo la tradizione versò delle lacrime durante uno dei tumulti del quartiere. La chiesa correva il pericolo di sprofondare negli strati alluvionali del Tevere che si trovano sotto le sue fondamenta; è stato pertanto previsto ai giorni nostri un intervento di consolidazione..
A Roma, dello stesso architetto Sebregondi a sono inoltre il portale del Palazzo Pamphily e la facciata di Palazzo Crescenzi.
Sempre a Roma, probabilmente nell'ambiente della stessa Accademia, conobbe il cardinale Ferdinando Gonzaga, che già nel settembre1612 infatti aveva inviato l'artista a Frascati, certamente per trarre disegni da quelle ville principesche. Il Sebregondi raggiunse Ferdinando Gonzaga a Mantova, forse nel 1613, un anno dopo che Ferdinando era divenuto duca; qui non si conoscono altre opere sue prima del Sacco del 1630; dopo, lavorò alle dipendenze di Carlo I Gonzaga del ramo di Nevers, per riparare i danni subiti dai palazzi ducali; infine nel 1633, ancora per Carlo I, costruì l'Eremo dei Padri Camaldolesi nel Bosco della Fontana, ubicato, in località Marmirolo, dove è anche la riserva naturale di Bosco Fontana, detta cosi per la presenza di una fonte. Era riserva di caccia e luogo di svago dei Gonzaga, un tempo decorata con fontane e chioschi (oggi scomparsi) e popolata anche da animali rari. La località è molto suggestiva: al centro si erge la palazzina di caccia, circondata da un fossato e con torri di forma cilindrica agli angoli (inizio del XVII secolo). Il monastero o eremo dei R.R. P.P. della Fontana a Marmirolo (ora scomparso, si trovava al centro del Bosco della Fontana). La chiesa della Santissima Trinità e l’Eremo della fontana, dei padri Benedettini Camaldolesi, furono voluti dal Duca di Mantova Carlo I Gonzaga Nevers. Su disegno di Nicolò Sebregondi il complesso venne costruito nel 1633, e la chiesa somigliava per i due campaniletti all’eremo dei Camaldoli.
Soppresso l’eremo nel 1782, la chiesa venne in parte demolita e nel 1793 parzialmente adattata a polveriera. Alcune preziose testimonianze di questo complesso monastico, sono oggi sparse nelle parrocchie di Romanore, Goito e nella Basilica di S.Barbara.
Nel 1634 Nicolò Sebregondi costruì la Porta Cerese, opere anch'essa perduta.
A Mantova gli è anche attribuito il Palazzo Beffa-Negrini, situato nella via Garibaldi, numero 29; inoltre gli verrebbe anche attribuita l'incompiuta facciata di Palazzo Valenti, sempre a Mantova.
Nicolò Sebregondi ebbe anche una parentesi di lavorò a Praga dove contribuì alla costruzione del Wallenstein Palace...
II Sebregondi si spense, presumibilmente a Mantova, nel 1651 o nel '52 , infatti il 28 aprile 1651 l'architetto stava svolgendo dei lavori nel palazzo del Tè mentre sembra che il 16 luglio 1652 fosse già morto.